Jüngers Bibliothek ist überwiegend im ersten Obergeschoss des Hauses aufgestellt. Das erste Bücherregal befindet sich im Treppenaufgang vom unteren zum oberen Flur. Es enthält Berichte über Seefahrten und Schiffskatastrophen sowie Bücher über ferne Regionen und ihre Kulturen, darunter Henry M. Stanleys ›Reise durch den dunklen Weltteil‹ aus dem Jahr 1885 − ein Buch, das Jünger zehnjährig von seiner Großmutter geschenkt bekommen hat (WJB01.03/37).

Der obere Flur gehört den entomologischen Sammlungen: einerseits den Käfern, andererseits den Büchern und Zeitschriften. Die ›Stettiner Entomologische Zeitung‹, eine Rarität, ist in Wilflingen fast vollständig vorhanden: Jünger hat die Bände allesamt antiquarisch erworben, sie stammen z.T. aus dem Westfälischen Naturkundemuseum Münster und vom Berliner Entomologischen Verein. Weiter unten im Regal befindet sich Jüngers Handexemplar von Volker Neumanns Broschüre ›Der Heldbockkäfer. Vorkommen und Verhalten eines vom Aussterben bedrohten Tieres unserer Heimat‹, zu der er selbst das Vorwort verfasst hat (WJB02.07/294).

Im mittleren Regal der entomologischen Bibliothek befinden sich weitere Bücher und Zeitschriften zur Käferkunde, u.a. auch die mehrbändige ›Naturgeschichte der Insecten Deutschlands‹. In ihren ersten Band hat Jünger eine maschinenschriftlich verfasste Übersicht aller Teile eingeklebt (WJB03.04/09).

Im dritten Regal an der Wand, die − den Käferschränken gegenüber − die Fachliteratur versammelt, findet sich das wohl erste Buch über Käfer, das Jünger besessen hat: Ernst Hofmanns ›Der Käfersammler. Unsere größeren Käferarten in Wort und Bild‹ (WJB04.06/31). Der Band trägt eine Widmung unbekannter Hand, datiert auf den 24. Juli 1906; er ist Teil der Dauerausstellung im Erdgeschoss des Jünger-Hauses.

Im hohen Regal, das die Bücherwand hinter dem Durchbruch zum Salon fortsetzt, steht die Entomologie hinter anderen naturwissenschaftlichen Werken zurück. Hier dominieren Drucke zur Botanik und Biologie, zur Anatomie und Astronomie. Dabei ist Johannes Bosschas Rede zu Christian Huygens 200. Todestag durch mehrere Hände gegangen, ehe sie an dieser Stelle Platz fand: Der schmale Band trägt im Deckel das Ex Libris des Vaters und im Vorsatz das Ex Libris von Friedrich Georg Jünger, der es seinem Bruder Ernst im Juni 1954 überließ (WJB05.01/27).

Das Fenster im Flur ist nicht nur von Bücherregalen gerahmt, sondern auch von Reptilien aus aller Welt. Eine große Meeresschildkröte hängt über dem niedrigen Regal zur Rechten des Fensters. Darin sind keltische, nordische und germanische Sagen versammelt sowie fernöstliche Dichtung und vereinzelte Drucke zur Sprach- und Schriftkunde.

Die lange Fensterseite im Jünger-Haus eröffnet fast überall den Blick auf das Schloss Wilflingen, in dem Jünger oft zu Gast war − auch, um die Privatbibliothek der Schenken von Stauffenberg zu konsultieren. Aus dieser Bibliothek stammen fast alle Bücher auf dem kleinen Sekretär in der großen Bibliothek, namentlich v.a. sechzehn Bände der Reihe ›Causes célèbres et intéressantes‹, in der François Gayot de Pitaval aufsehenerregende Kriminalfälle und deren Prozesse im ausgehenden18. Jahrhundert geschildert hat − seinerzeit extrem beliebt und Wegbereiter des Gerichtsromans. Die Sammlung war offenbar ein Geschenk zu Weihnachten 1954 (WJB07.01/02); die Bände tragen Besitzvermerke von Franz August Freiherr Schenk von Stauffenberg, Jurist und Vater des Freiherrn Franz, der Jünger seit 1951 die Oberförsterei vermietete.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet. Lorem ipsum dolor sit amet, consetetur sadipscing elitr, sed diam nonumy eirmod tempor invidunt ut labore et dolore magna aliquyam erat, sed diam voluptua. At vero eos et accusam et justo duo dolores et ea rebum. Stet clita kasd gubergren, no sea takimata sanctus est Lorem ipsum dolor sit amet.

Verschlossen in einer Vitrine hat Jünger zahlreiche Widmungsexemplare bewahrt, die von ebenso berühmten wie höchst unterschiedlichen Personen stammen: Bedeutende Schriftsteller und Philosophen des 20. Jahrhunderts − Gottfried Benn, Friedrich Dürrenmatt, Hermann Hesse und Martin Heidegger − sind hier neben Alfred Kubin und Jean Cocteau, neben Theodor Heuss und Carl Schmitt versammelt. Auch Bücher mit Widmungen von u.a. Max Brod, Rainer Maria Rilke und Paul Verlaine, die nicht Ernst Jünger gelten, haben hier ihren Platz. Erinnerungsstücke rahmen die Bücher zu allen Seiten.